Vodik je element sa najmanjom gustoćom. Molekularni vodik (H2) lakši je 14,4 puta od zraka. Tačka ključanja mu je -252 °C (21,15 Kelvin), a tačka topljenja -259,14 °C (14,02 Kelvin). Rastvorljivost u vodi iznosi 1,6 mg/l. Pri normalnoj temperaturi i pritisku je gas bez boje, okusa i mirisa.
Termodinamičke osobine (transportni fenomen) su od posebnog značaja zbog malehne molekularne mase i iz nje rezultirajuće velike srednje brzine molekula vodika (1770 m/s pri 25 °C), naprimjer kod Oberthovog efekta raketnog goriva. Na normalnoj sobnoj temperaturi vodik ima najveću difuznu sposobnost, najveću provodljivost toplote i najveću brzinu efuzije od svih gasova. Niska viskoznost upućuje na tro- ili višeatomne realne gasove kao što je n-butan.
Pokretljivost vodika u čvrstoj matrici je izrazito visoka, što je posljedica malehnog promjera molekule. Tako naprimjer vodik može proći kroz materijale poput polietilena ili usijanog kvarcnog stakla. Važan fenomen je njegova izuzetno velika difuzna brzina u željezu, platini i nekim drugim prelaznim metalima, jer se u njima javlja krhkost (lomljivost). U kombinaciji sa visokom rastvorljivošću neki materijali su izloženi izuzetno stopama prodiranja (permeabilnosti). Iz ovog se izvode tehničke koristi obogaćivanja vodikom, ali i tehnički problemi pri transportu, skladištenju i obradi vodika i vodikovih mješavina, jer on prolazi kroz mnoge prostorne prepreke.
Na temperaturama ispod 21,15 Kelvina vodik se kondenzira u bistru, bezbojnu tekućinu. Ovo stanje se označava skraćenicom LH2 (engl. liquid – tečni). Ispod 14,02 K (−259,2 °C) vodik prelazi u čvrsto stanje gradeći kristalni oblik u najgušćoj heksagonalnoj kristalnoj strukturi, pri kojoj je svaki molekul spojen sa dvanaest susjednih. Na tački topljenja pri hlađenju formira se mješavina dva agregatna stanja, takozvani slush.
U uslovima ekstremnog pritiska koji vladaju unutar velikih gasovitih planeta, pretpostavlja se da postoji i metalni vodik, tj. da se javlja u obliku metala. U tom obliku mogao bi i provoditi električnu struju.